十六年前，一個巨大的傳送門毫無征兆地出現在日本東京羽田機場上空。

　　 大量被稱為【惡魔】的異形生物從傳送門中出現，大舉進攻東京。

　　 惡魔由數個具有高等智能的【怪人】，與大量只受怪人的命令與動物本能控制的【魔人】組成。

　　 由於惡魔的侵襲太過突然，自衛隊與駐日美軍還沒來得及反應，惡魔就已殺進東京市區，肆意破壞屠戮，造成了一場震驚世界的災難。這場災難後來被稱為【異界入侵】。

　　 傳送門打開的第二天，成建制的陸上自衛隊進入市區，與惡魔展開了殘酷的巷戰。

　　 然而由於惡魔能使用當時的科學無法解釋的魔法能力釋放法術和強化自己的肉體，擁有極高的單兵戰斗力，自衛隊戰損比懸殊。

　　 當天下午，惡魔的先鋒滲透部隊對市區內的陸上自衛隊指揮節點發動了斬首行動，陸上自衛隊指揮系統崩潰，整個首都圈淪為人間地獄。

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　　 在傳送門打開的六個月間，全日本國民都生活在驚惶恐懼之中。

　　 美國雖然希望直接介入異界入侵，但受制於中俄的阻撓，並沒有派遣軍隊參與東京的巷戰，只將艦隊開到日本沿海提供火力支援。

　　 中俄則同樣派出艦隊在日本周圍海域游弋，與美國的艦隊對峙的同時，肢解那些膽敢嘗試離開日本的惡魔，並隨時准備將被惡魔完全占領的東京夷為平地。

　　 日本國內，政府宣布進行緊急全民動員，陸上自衛隊被改組為【國民自衛隊】。滿載青年男女自衛隊員的列車，從日本全境一列接一列地開進首都圈，為奪回東京，保護自己的祖國，與惡魔展開了殊死決戰。

　　 與此同時，文部科學省對惡魔的研究也在進行。

　　 對捕獲的魔人進行研究後，研究者發現，惡魔可以使用【魔力輸出器官】來釋放法術、強化肉體。

　　 惡魔使用魔法的客觀條件——【魔力】，這個世界同樣具備，並且人類體內也有魔力儲存與流轉的【魔力回路】。

　　 但是，人類並不具備魔力輸出器官，而這也就意味著，人類只能任由魔力自然流轉，而無法使用這份改造自然的偉力。

　　 盡管研究者引導自衛隊中的志願者，通過外置魔力輸出器官強行運用自己的魔力，但這些志願者無一例外喪失了神智，最終陷入【魔人化】狀態，只知道用魔力強化肉體，以及滿足自己的動物本能。

　　 然而，在傳送門打開將近六個月的時候，一位叫【道明寺聖正】的天才研究員，發明了能使人類在保持神智的前提下，掌控自己體內魔力的人造魔力輸出器官——【聖使晶石】。

　　 與聖使晶石產生共鳴的純潔少女，可以使用自己體內的魔力變身，獲得完全掌控魔力的能力，而且不會因魔力失控喪失神智。

　　 這些少女，被稱為【聖使少女】。聖使少女掌握運用魔力的方法後，惡魔的法術與肉體優勢便不復存在。

　　 全國各地的少女經過聖使晶石的遴選，一百零八名聖使少女組成了【聖使少女戰斗隊】，與國民自衛隊一齊向惡魔發動反攻。

　　 經歷了六天慘烈的決戰，付出了絕大部分聖使少女戰死，甚至道明寺聖正博士也在一次防御戰中被殺的代價，國民自衛隊最終奪回了日本全境的控制權。

　　 在這場戰爭的最後，最強聖使少女——【聖使少女：無色純鑽】帶領【樞要寶石小隊】，與【觸手怪人：代號：參謀長】在羽田機場的決戰中勝出，關閉了傳送門，正式宣告異界入侵結束。

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　　 然而，即使傳送門被關閉，蟄伏在日本境內的惡魔殘黨仍然時不時發動垂死掙扎的襲擊。

　　 為了防止惡魔再次危害日本，日本政府決定保留國民自衛隊與聖使少女戰斗隊。

　　 雖然世界各國忌憚聖使少女的強大戰斗力，但由於聯合國安全理事會成員在異界入侵的威脅下仍然互相爭斗，從結果上沒有積極制止發生在日本的人道主義慘劇，這一決議並沒有受到國際社會的強硬反對。

　　 但聖使少女，畢竟還是足以顛覆人類戰爭形勢的強大戰斗力。為了避免自己的強大戰斗力引發更多國際糾紛，最強聖使少女：無色純鑽在異界入侵結束一年後，選擇隱退，宣誓不再使用聖使晶石，離開了聖使少女戰斗隊。

　　 不過，聖使少女：無色純鑽的戰友，異界入侵最後決戰中僅剩的幸存者——樞要寶石小隊的【聖使少女：藍水晶】、【聖使少女：祖母綠】、【聖使少女：紅寶石】，作為實力最強的三大聖使少女，仍然鼓舞著純潔善良的少女加入聖使少女戰斗隊，守護家人、朋友、還有日本國民的安全。